O iTunes faz um backup do dispositivo sempre que você:

• Sincroniza com o iTunes (automaticamente na primeira sincronização, sempre que ele é conectado ao computador)
• Atualiza o iTunes (ocorre automaticamente sem aviso)
• Restaura o iTunes (o sistema solicita que você crie um backup antes de o processo de restauração começar)

Embora o iTunes faça backup da maioria dos ajustes do dispositivo, os aplicativos transferidos e o conteúdo de áudio, vídeo e fotos não são incluídos no backup.

Ao fazer a restauração a partir de um backup do iTunes, os ajustes do dispositivo, os aplicativos transferidos e os conteúdos de áudio, vídeo e fotos são sincronizados novamente com o dispositivo quando a opção "Sincronizar" está marcada nas respectivas abas do iTunes. Se você optar por restaurar o dispositivo como um novo usuário, os aplicativos transferidos e os conteúdos de áudio, vídeo e fotos não serão sincronizados até que a opção "Sincronizar" seja selecionada em cada aba do iTunes.

Você pode fazer um backup manual ou restaurar o iPhone ou iPod touch a partir de um backup. Para isso, clique com a tecla Control pressionada ou clique com o botão direito do mouse no ícone do iPhone ou iPod touch no lado esquerdo da janela do iTunes e escolha Efetuar o Backup ou Restaurar do Backup*:

Se nenhum backup tiver sido executado antes você acessar essa opção, o iTunes não apresentará a opção de fazer a restauração a partir do backup Para obter umas lista dos conteúdos dos quais o iTunes faz backup e mais informações sobre backups, consulteiPhone e iPod touch: Sobre os backups e iPad: Sobre os backups.

* Restaurar a partir de um backup é um processo diferente de executar uma restauração completa do software. A restauração a partir do backup restaura os ajustes, os dados de aplicativos e outras informações salvas em um backup. Executar uma restauração completa do software apaga todo o conteúdo do dispositivo e o restaura para os ajustes originais de fábrica. Veja a seguir mais informações sobre a função "Restauração de Software".

fontes:  http://support.apple.com/